Estrutura organizacional do SALT, conforme disposição regimental, está fundamentada nos princípios da igualdade e do direito de expressão. Nesta perspectiva, a instituição se estrutura em órgãos colegiados, executivo, áreas de apoio administrativo, de atendimento aos discentes, complementares e suplementares. Nos órgãos colegiados, está assegurada a representatividade de toda a comunidade acadêmica com direito a voz e voto na tomada de decisões pertinentes a questões administrativas e acadêmicas.

1.1 Órgãos Colegiados: instâncias de decisão

São órgãos colegiados do SALT: o Conselho Superior, o Conselho de Pós- Graduação, Pesquisa e Extensão e o Conselho de Curso de Graduação, conforme apresenta-se na sequência.

• Conselho Superior – instancia máxima da instituição é composto pelo diretor do SALT, seu presidente; por 1 (um) representante da Mantenedora ou preposto; pelos representantes dos professores titulares escolhidos por seus pares, em número não superior à metade do número total de membros do Conselho Superior; por dois representantes do corpo discente do SALT, que serão, respectivamente, o presidente da Associação Eclesiástica Júnior da IASD (Missão IAENENSE) e um representante do Diretório Acadêmico de Estudantes (Diretório Acadêmico Luiz Nunes – DALUNES); pelos Coordenadores de Cursos de Graduação; pelo Coordenador de Pós-Graduação, Pesquisa e Extensão; pelo Secretário(a) Acadêmico(a) e, por 1 (um) representante da comunidade eclesiástica adventista, escolhido pelo próprio conselho.
• Conselho de Pós-Graduação, Pesquisa e Extensão – órgão de coordenação específica para planejar, organizar, promover, coordenar, supervisionar e executar projetos e programas, de pesquisa e extensão, de forma sistemática e integrada, funcionando como um elo permanente entre a Instituição de Ensino e a comunidade local. É constituído pelo Diretor do SALT; pelo Secretário(a) Acadêmico(a); pelo Coordenador de Pós-Graduação, Pesquisa e Extensão, seu Presidente; pelos Coordenadores de Curso de Graduação; por dois representantes docentes e um representante discente, ambos indicados pelo Conselho Superior.
• Conselho de Curso de Graduação – órgão de natureza consultiva deliberativa e normativa que tem a seu cargo as atividades didáticas, pedagógicas e científicas. É presidido pelo respectivo Coordenador de Curso e formado pelos docentes do curso e por dois representantes discentes, sendo um da Associação Eclesiástica Júnior da IASD e outro do Diretório Acadêmico de Estudantes com mandatos de 1 (um) ano sem recondução.

 

1.2 Órgão Executivo

A Diretoria é o órgão executivo do SALT e atua em matérias de superintendência, administração, coordenação e fiscalização da instituição, sendo exercida pelo Diretor e em seu impedimento, pelo Vice-Diretor.

1.3 Áreas de Apoio Administrativo

São áreas de apoio administrativo do SALT: a Coordenação de Curso de Graduação; a Coordenação de Pós-Graduação, Pesquisa e Extensão; a Secretaria Acadêmica; a Biblioteca; a Central de Relacionamento Estudantil; o Departamento Financeiro; o Departamento de Tecnologia da Informação e Comunicação e o Departamento de Marketing, conforme apresenta-se na sequência.

• Coordenação de Curso de Graduação – instâncias de apoio administrativo que gerencia e coordena os assuntos pedagógicos do curso.
• Coordenação de Pós-Graduação, Pesquisa e Extensão – instância de apoio administrativo que, junto com a Diretoria do SALT, promove e superintende as atividades e serviços referentes à pós-graduação, iniciação científica, pesquisa e extensão.
• Secretaria Acadêmica – departamento responsável pelo registro e controle das atividades acadêmicas, está sob orientação da Direção.
• Biblioteca – departamento de apoio técnico-administrativo, diretamente vinculado à Direção, sendo a unidade técnica que visa ao assessoramento das atividades de graduação, pós-graduação, pesquisa e extensão.
• Central de Relacionamento Estudantil – apóia as Coordenações de Curso através da Gerência Operacional, a qual é indicada e coordenada pela Direção.
• Departamento Financeiro – vinculado à Direção, é coordenado por profissional qualificado, contratado pela Mantenedora, a quem cabe designar-lhe as funções.
• Departamento de Tecnologia da Informação e Comunicação – vinculado operacionalmente à Direção, é responsável pela criação e manutenção dos sistemas de informação e comunicação do SALT.
• Departamento de Marketing – vinculado à Direção, é responsável por contribuir com o avanço institucional. Suas ações são coordenadas por profissional responsável, devidamente habilitado.

1.4 Áreas de Atendimento aos Discentes

São áreas de atendimento aos discentes do SALT: o Núcleo de Atendimento Psicopedagógico; a Capelania Universitária e o Diretório Acadêmico de Estudantes, conforme apresenta-se na sequência.

• Núcleo de Atendimento Psicopedagógico – destina-se ao acompanhamento e à orientação do discente, de modo que permita equacionar possíveis conflitos pertinentes aos processos da aprendizagem.
• Capelania Universitária – destina-se a prestação de assistência religiosa, moral e espiritual a comunidade acadêmica, prestada por profissional devidamente qualificado, designado pela Diretoria, ouvida a Entidade Mantenedora.
• Diretório Acadêmico de Estudantes – congrega todos os alunos do SALT e possui regulamento próprio, por ele elaborado e aprovado, de acordo com os parâmetros preconizados pelo Regimento Institucional e a legislação vigente. Compete ao Diretório Acadêmico, no que couber, indicar os representantes discentes, com direito a voz e voto, nos Conselhos/Colegiados do SALT. São elegíveis a representação estudantil, discentes regulares, matriculados em, pelo menos, três disciplinas ou no período regular, importando o trancamento de matrícula e a interrupção do curso em perda de mandato.
• 5 Áreas Complementares 
São áreas complementares do SALT: a Contabilidade; o Setor de Recursos Humanos e o Setor de Finanças Estudantis, conforme descreve-se na sequência.
• Contabilidade – vinculada ao Departamento Financeiro, é organizada e coordenada por profissionais qualificados, contratados pela Entidade Mantenedora, a quem cabe designar-lhes as funções e encargos.
• Setor de Recursos Humanos – unidade responsável pela condução, organização e manutenção de registros referentes às questões funcionais pertinentes a seus servidores, assim como pela promoção de sua qualificação e desenvolvimento profissional, tendo suas ações coordenadas por um profissional devidamente habilitado.
• Setor de Finanças Estudantis – vinculado ao Departamento Financeiro, é responsável pelo controle de contas a receber, oriundos de mensalidades, do seu controle e da sua cobrança.

1.6 Áreas Suplementares

São áreas suplementares do SALT: a Comissão Própria de Avaliação; a Procuradoria Institucional; a Ouvidoria; o Núcleo de Acompanhamento de Egressos; a Associação Eclesiástica Júnior da IASD; o Centro de Pesquisa de Literatura Bíblica; o Instituto de Crescimento de Igreja; o Departamento de Educação Continuada; o Grupo de Apoio aos teologandos; o Instituto de Geociências e o Centro de Estudos Ellen G. White, conforme apresenta-se na sequência.

• Comissão Própria de Avaliação – órgão suplementar do SALT, tem como objetivo a coordenação e a articulação dos processos internos de avaliação institucional, conforme diretrizes e critérios emanados do Sistema Nacional de Avaliação da Educação Superior – SINAES, exercendo suas atividades com autonomia em relação aos demais órgãos colegiados da instituição. É constituída por um coordenador, indicado pelo Conselho Superior; por dois representantes docentes; por dois membros do corpo técnico-administrativo; por dois representantes discentes e por um representante da sociedade civil organizada. Os representantes docentes e discentes serão eleitos por seus pares, para um mandato de um ano, podendo ser reconduzidos uma única vez. O representante da sociedade civil organizada é escolhido de lista tríplice apresentada pelo coordenador da CPA ao Conselho Superior, para um mandato de dois anos, podendo ser reconduzido uma vez. O mandato dos demais membros é de cinco anos ou enquanto durar o ciclo de avaliação do SINAES a que o curso estiver afeto, podendo ser reconduzido uma vez.
• Procuradoria Institucional – interlocutor entre o SALT e o MEC a quem compete a coleta de dados, preenchimento de questionários eletrônicos, encaminhamento de documentos e acompanhamento dos processos institucionais e de cursos, no Sistema previsto pelo Ministério da Educação e outras que se fizerem necessárias, conforme legislação vigente.
• Ouvidoria – objetiva oferecer aos discentes e à comunidade a oportunidade de serem ouvidos em relação aos serviços prestados pelo SALT.
• Núcleo de Acompanhamento de Egressos – responsável por estabelecer o vínculo da instituição com seus egressos.
• Associação Eclesiástica Júnior da IASD – associação com a finalidade de prover adequado treinamento aos estudantes nas práticas eclesiásticas da Igreja Adventista do Sétimo Dia.
• Centro de Pesquisa de Literatura Bíblica – tem por objetivo envolver, incentivar e guiar os estudantes e docentes do SALT na área de pesquisas científicas da literatura bíblica.
• Instituto de Crescimento de Igreja – tem como objetivo capacitar, orientar e dar apoio aos estagiários e aos líderes da comunidade evangélica no ministério das igrejas locais e no evangelismo, sendo responsável pela elaboração e produção de materiais e recursos evangelísticos necessários para tal.
• Departamento de Educação Continuada – tem como objetivo envolver, incentivar e guiar os estudantes do SALT no estudo e pesquisa sistemática de doutrinas bíblicas, disponibilizando material teológico de apoio a egressos atuando na atividade pastoral; e promovendo atividades de extensão na modalidade de curso livre na área teológica de acordo com o interesse da comunidade adventista.
• Grupo de Apoio aos Teologandos – tem por objetivo de promover e coordenar ações estudantis, oferecendo orientações sobre trabalho com vistas à manutenção dos alunos durante o curso, e intermediando e organizando o fornecimento de cestas básicas, material escolar e bolsas de estudos a alunos cadastrados por este departamento.
• Instituto de Geociências – espaço reservado para o estudo e observação de peças paleontológicas e artefatos arqueológicos.
• Centro de Estudos Ellen G. White – núcleo que tem como objetivo o estudo e a pesquisa de obras relacionadas com a memória e a história da Igreja Adventista do Sétimo Dia.